畜禽養殖糞污處理與綜合利用技術模式有四種：
一是種養結合。這是我國目前畜禽糞污處理的主要方式。養殖場采用干清糞或水泡糞方式收集糞污。采用干清糞方式的，固體糞便經過堆肥或其他無害化方式處理，污水與部分固體糞便進行厭氧發酵、氧化塘等處理，在養分管理的基礎上，將有機肥、沼渣、沼液或肥水應用于大田作物、蔬菜、果樹、茶園和林木等。采用水泡糞方式的，糞污進行厭氧發酵、氧化塘處理，還田應用于農業生產。
二是循環利用。在奶牛場和鴨場應用比較多。養殖場主要是采用干清糞的方式，其做法就是通過控制生產用水，減少養殖過程中的用水量，場內實施污水暗道輸送、雨污分流和固液分離，減少污水處理壓力。處理后的污水可用于場內沖洗糞溝和圈欄等。固體糞便可通過堆肥、基質生產、牛床墊料、燃料等方式處理利用。
三是達標排放。目前，這種處理方式占的比重相對比較小，其原因一是糞污處理設備的成本高，給養殖場造成很大的壓力；二是糞便本身是一種可再利用的資源。達標排放要求養殖場對污水通過厭氧、好氧等工藝處理后，出水水質達到國家排放標準，固體糞便通過堆肥等方式處理后，再利用。
四是集中處理。在養殖密集區，依托規模化養殖場或專門的糞污處理中心，對周邊養殖場（小區、養殖大戶）的糞便或污水進行收集并集中處理。
目前畜禽糞污的清理方式有很多種，一是人工清糞：人工清糞費用高，清理不徹底、不及時，而且人員不好找。二是刮糞板：由于刮糞板清理不干凈，易造成疾病的二次感染。三是發酵床：發酵床對溫度、濕度控制要求高，也需要養殖戶懂得發酵床的原理。現在也面臨原材料收集難度越來越大的情況，所以，實際操作難度大，相對成本高，易死床。四是PP傳糞帶，這種清糞設備在六年前非常流行，但是由于PP傳送帶易跑偏，易斷裂，使用時限短，所以，很快被淘汰了。五是PVC傳送帶，是在PP傳糞帶的基礎上改進的另一種傳糞帶，其特點是防跑偏，不易斷裂，使用年限長。
糞便的處理方式：一是直接還田。二是做有機肥，通過對糞便進行堆肥腐熟發酵的方式，生產有機肥。三是通過化糞池與沼氣池進行處理。對于沼氣池需要說的一點是混凝土沼氣池造價成本比較高，且不易修理，使用時，只能是壞一口造一口。
眾所周知，糞便管理最大的難點是含水率，含水率越高糞污處理的成本越大，所以，生產中，我們要降低糞便的含水率。
對于養鴨場，為了降低糞便中的含水率可在飲水一側做網格欄板，避免鴨在飲水過程中漏掉多余的水，這就避免了漏掉的水流到糞便中，從而降低糞便中的含水率。另外，在飲水線下面還設有一條清水溝，用于收集污水。
當然，鴨業的環保模式還有發酵床和廢水處理模式等。對于養鴨的廢水處理，基本可以參考養豬的廢水處理模式。
對于種雞、蛋雞而言，要及時清理舍內糞便，糞便盡可能不在舍內折騰（是為了避免病原菌的散播），這是很重要的原則。同時，舍內糞便盡量保持干燥，要防止水線漏水，加強舍內通風。有的養殖場在刮糞時，由于糞便難清理干凈，而加水刮糞，這種做法是不可取的。
對蛋雞糞的處理，認為可采用“三段式”管理。第一階段，舍內雞糞的清理與收集。可通過傳送帶進行清理與收集。第二階段，雞糞從清出舍外至無害化處理場之間的運輸與貯存。在運輸與貯存的過程中，可能會改變糞便特性，還可能增加運輸過程的污染風險、公共衛生、投訴等，建議運輸前在糞便 中添加碳源性輔料來處理。第三階段，蛋雞糞的無害化處理與資源化利用技術。目前有四種處理方式: —是無處理，直接出售或施用；二是半處理（半發酵）后出售或施用；三是生產有機肥后出售；四是全自動飼養管理的養殖場直接出售。還有其他的處理方式如制取沼氣、水產養殖、培育生物等。
此外，對于雞糞生產有機肥應用到田間，我認為還需要解決三大問題：一是改變過去將糞便當作問題而去處理的概念，而是一開始就應該從有機肥產品市場上如何運營盈利作為頂層設計的出發點，主動利用畜禽糞便作為有機肥產品的原料；二要從市場和機制上獲得創新，確保市場對有機肥或基質的需求，確保使用有機肥和基質有利可圖，這樣自然拉動大宗畜禽糞便原料的需求；三是有機肥質量參差不齊，市場監管不足。
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